Первое упоминание об панагии как об обязательной принадлежности епископа, которая дается ему при посвящении после Литургии, содержится в сочинениях блаженного Симеона, архиепископа Солунского (ХV век). Писатель ХVII века Иаков Гоар свидетельствует, что по принятии омофора епископы Греческой Церкви получали драгоценный крест с мощами святых, называемый энколпион, с присоединением приветствия словом аксиос (достоин).
Обычай возлагать энколпион на епископа при его посвящении от Православного Востока перешел в Русскую Церковь. Но на Руси были уже в широком употреблении панагиары в виде прямоугольных ковчежцев с изображениями Господа Христа, Богородицы, святых. Часто один ковчежец с мощами имел изображения Святой Троицы, Христа Вседержителя, Богородицы, святых. Были позолоченные иконы только с изображениями Богоматери. Такие иконы в ХVI веке носили епископы и архимандриты. Поэтому при архиерейской хиротонии с ХVII века стали возлагать крест. Так как у русских архиереев в обычае было носить поверх одеяний и икону Богоматери или энколпион-ковчежец с мощами, Московский Собор 1674 года разрешил русским митрополитам носить поверх саккоса "енколпий и крест", но только в пределах своей епархии. Исключение было сделано для Новгородского митрополита, который имел право носить крест и энколпион в присутствии Патриарха.
Русские Патриархи, а также Киевские митрополиты с середины ХVII века носят две панагии и крест.
Со временем мощи святых перестали быть обязательной принадлежностью панагий. В настоящее время панагия представляет собой образ Божией матери, чаще всего круглой или овальной формы, с различными украшениями, без мощей. Кресты епископов теперь также бывают без мощей.
С 1742 года панагиями награждались архимандриты некоторых монастырей. Дабы отличить епископов от архимандритов, с середины ХVII веке епископам стали возлагать при посвящении крест и панагию. В повседневной обстановке епископы должны были носить панагию, а за богослужением панагию и крест. Такой порядок сохраняется и до наших дней.